İnsan Y-DNA haplogrubu

İnsan genetiğinde, bir insan Y kromozomu DNA haplogrubu, Y kromozomundaki DNA'nın (Y-DNA denir) rekombinan olmayan kısımlarında meydana gelen mutasyonlarla tanımlanan bir haplogrup sınıflandırması terimidir. Birçok insan tarafından paylaşılan mutasyonlara tek nükleotid polimorfizmi (SNP) denir.^[2]

İnsanlarda Y kromozomu, nesil başına yaklaşık iki mutasyon geçirir.^[3] Y-DNA haplogrupları, her bir haplogrup için benzersiz olan yüzlerce hatta binlerce mutasyonu paylaşan Y-kromozomu filogenetik ağacının ana dallarını temsil eder.

En son bilinen Y-kromozomal ata (Y-MRCA, gayriresmî olarak Y kromozom Âdem'i olarak da bilinir), şu anda yaşayan tüm erkeklerin patrilineal olarak sahip oldukları en yeni ortak atasıdır (MRCA). Y kromozom Âdem'inin yaklaşık 236.000 yıl önce Afrika'da yaşadığı tahmin edilmektedir. Diğer popülasyonel darboğazlar incelenerek çoğu Avrasyalı erkeğin 69,000 yıl önce yaşayan tek bir erkeğin soyundan geldiği de bulunmuştur. Diğer büyük darboğazlar yaklaşık 5.000 yıl önce meydana gelmiştir ve bu olaylar sonucunda Avrasyalı erkeklerin çoğu atalarını 5000 yıl önce yaşamış bir düzine erkeğe kadar takip edebilmektedir.^[4]^[5]

Adlandırma kuralı

Y-DNA haplogrubu adlandırmasının şematik gösterimi. Haplogruplar mutasyonlarla (SNP'lerle) tanımlanır.

Y-DNA haplogrubu E

Y-DNA haplogrupları, bir dizi Y-DNA SNP işaretleyicisinin varlığı ile tanımlanır. Alt kladlar, Y kromozom filogenetik ağacında en aşağıda bulunan SNP olan ''terminal SNP'' yardımı ile tanımlanır.^[6]^[7] Y Kromozom Konsorsiyumu (YKK), ana Y-DNA haplogruplarını A'dan T'ye büyük harflerle isimlendiren bir sistem geliştirmiş, alt kladların gösterimi içinse sayıları ve küçük harfleri kullanan bir sistemle (longhand) sınıflandırılabilir hale sokmuştur. YKK shorthand isimlendirmesi ise, ana Y-DNA haplogruplarını yine harfler ile göstermekle birlikte, tire ile bu harfi alt grup ve alt kladlardan ayırmış ve küçük harf ile sayı kullanımı yerine terminal SNP adını kullanmıştır.^[8] Örneğin R haplogrubunun, 1a (M420) numaralı alt kladına mensup bir Y kromozomu, R1a (longhand) veya R-M420 (shorthand) şeklinde gösterilebilir.

Filogenetik ağaç

Y kromozom Âdem'i

Haplogrup A

BT

Haplogrup B

CT

DE

	Haplogrup D

	Haplogrup E

CF

F

IJK

IJ

	Haplogrup I

	Haplogrup J

K

LT

	Haplogrup L

	Haplogrup T

MNOPS

NO

	Haplogrup N

	Haplogrup O

MPS

MS

	Haplogrup S

	Haplogrup M

P

	Haplogrup Q

	Haplogrup R

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ Kivisild, T.; Rootsi, S.; Metspalu, M.; Mastana, S.; Kaldma, K.; Parik, J.; Metspalu, E.; Adojaan, M.; Tolk, H. V.; Stepanov, V.; Gölge, M.; Usanga, E.; Papiha, S. S.; Cinnioğlu, C.; King, R.; Cavalli-Sforza, L.; Underhill, P. A.; Villems, R. (2003). "The Genetic Heritage of the Earliest Settlers Persists Both in Indian Tribal and Caste Populations". American Journal of Human Genetics. 72 (2). ss. 313-332. doi:10.1086/346068. PMC 379225 $2. PMID 12536373.
^ "Understanding Haplogroups: How are the haplogroups named?". Family Tree DNA. 21 Haziran 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013.
^ Dolgin, Elie (2009). "Human mutation rate revealed". Nature. doi:10.1038/news.2009.864. 29 Eylül 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 18 Eylül 2017. "one mutation in every 30 million base pairs"
^ Karmin (2015). "A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture". Genome Research. 25 (4). ss. 459-66. doi:10.1101/gr.186684.114. PMC 4381518 $2. PMID 25770088. "we date the Y-chromosomal most recent common ancestor (MRCA) in Africa at 254 (95% CI 192–307) kya and detect a cluster of major non-African founder haplogroups in a narrow time interval at 47–52 kya, consistent with a rapid initial colonization model of Eurasia and Oceania after the out-of-Africa bottleneck. In contrast to demographic reconstructions based on mtDNA, we infer a second strong bottleneck in Y-chromosome lineages dating to the last 10 ky. We hypothesize that this bottleneck is caused by cultural changes affecting variance of reproductive success among males."
^ "YFull YTree". YFull. 21 Mart 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Eylül 2017.
^ "Understanding Results: Y-DNA Single Nucleotide Polymorphism (SNP): What is a Y-chromosome DNA (Y-DNA) haplogroup?". Family Tree DNA. 9 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013. Y-chromosome DNA (Y-DNA) haplogroups are the major branches on the human paternal family tree. Each haplogroup has many subbranches. These are subclades.
^ "myFTDNA 2.0 User Guide: Y-DNA: What is the Y-DNA – Matches page?". Family Tree DNA. 13 Mart 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013. A terminal SNP determines the terminal (final) subbranch on the Y-DNA Tree to which someone belongs.
^ "Understanding Results: Y-DNA Single Nucleotide Polymorphism (SNP): How are haplogroups and their subclades named?". Family Tree DNA. 9 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013.

Okuma listesi

Mendez, Fernando; Krahn, Thomas; Schrack, Bonnie; Krahn, Astrid-Maria; Veeramah, Krishna; Woerner, August; Fomine, Forka Leypey Mathew; Bradman, Neil; Thomas, Mark; Karafet, Tatiana M.; Hammer, Michael F. (7 Mart 2013). "An African American paternal lineage adds an extremely ancient root to the human Y chromosome phylogenetic tree" (PDF). American Journal of Human Genetics. 92 (3). ss. 454-9. doi:10.1016/j.ajhg.2013.02.002. PMC 3591855 $2. PMID 23453668. 24 Eylül 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 19 Mart 2019.
"Y-Haplogroup A Phylogenetic Tree". Mart 2013. 18 Ağustos 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Mart 2013. "Y-Haplogroup A Phylogenetic Tree". Mart 2013. 18 Ağustos 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 30 Mart 2013. (chart highlighting new branches added to the A phylotree in March 2013)

Dış bağlantılar

ISOGG Y-DNA Haplogroup Ağacı30 Mart 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
FTDNA (2008) Y-Kromozom Filogenetik Ağaç
Farklı Y kromozomal STR mutasyon oranlarının hız tablosu5 Mart 2009 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Y Haplogroups Haritası
Genografik Projeden National Geographic'ten İnsan Yolculuğu Atlası
DNA Mirası'nın Y-haplogroup haritası18 Şubat 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Y-Kromozomlarıyla Paternal Ancestry'i Keşfetmeye İlişkin Video Eğitimi
Haplogroup Predictor27 Mart 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Y-DNA Haplogroup ve Alt Bölüm Projeleri24 Ekim 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Kerchner'ın YDNA Haplogroup açıklamaları, projeleri ve bağlantıları27 Mart 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Y-DNA Test Şirketi STR Marker Karşılaştırma Tablosu4 Mart 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
Y-DNA Etnografik ve Genografik Atlas ve Açık Kaynak Veri Derleme
Y Kromozomu Konsorsiyumu

[Kivisild-1] Kivisild, T.; Rootsi, S.; Metspalu, M.; Mastana, S.; Kaldma, K.; Parik, J.; Metspalu, E.; Adojaan, M.; Tolk, H. V.; Stepanov, V.; Gölge, M.; Usanga, E.; Papiha, S. S.; Cinnioğlu, C.; King, R.; Cavalli-Sforza, L.; Underhill, P. A.; Villems, R. (2003). "The Genetic Heritage of the Earliest Settlers Persists Both in Indian Tribal and Caste Populations". American Journal of Human Genetics. 72 (2). ss. 313-332. doi:10.1086/346068. PMC 379225 $2. PMID 12536373.

[FTDNAUnderstandingHaplogroups-2] "Understanding Haplogroups: How are the haplogroups named?". Family Tree DNA. 21 Haziran 2012 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013.

[NatureHumanMutationRateRevealed-3] Dolgin, Elie (2009). "Human mutation rate revealed". Nature. doi:10.1038/news.2009.864. 29 Eylül 2017 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 18 Eylül 2017. "one mutation in every 30 million base pairs"

[bottleneck-4] Karmin (2015). "A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture". Genome Research. 25 (4). ss. 459-66. doi:10.1101/gr.186684.114. PMC 4381518 $2. PMID 25770088. "we date the Y-chromosomal most recent common ancestor (MRCA) in Africa at 254 (95% CI 192–307) kya and detect a cluster of major non-African founder haplogroups in a narrow time interval at 47–52 kya, consistent with a rapid initial colonization model of Eurasia and Oceania after the out-of-Africa bottleneck. In contrast to demographic reconstructions based on mtDNA, we infer a second strong bottleneck in Y-chromosome lineages dating to the last 10 ky. We hypothesize that this bottleneck is caused by cultural changes affecting variance of reproductive success among males."

[YFullYTree-5] "YFull YTree". YFull. 21 Mart 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Eylül 2017.

[6] "Understanding Results: Y-DNA Single Nucleotide Polymorphism (SNP): What is a Y-chromosome DNA (Y-DNA) haplogroup?". Family Tree DNA. 9 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013. Y-chromosome DNA (Y-DNA) haplogroups are the major branches on the human paternal family tree. Each haplogroup has many subbranches. These are subclades.

[7] "myFTDNA 2.0 User Guide: Y-DNA: What is the Y-DNA – Matches page?". Family Tree DNA. 13 Mart 2014 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013. A terminal SNP determines the terminal (final) subbranch on the Y-DNA Tree to which someone belongs.

[8] "Understanding Results: Y-DNA Single Nucleotide Polymorphism (SNP): How are haplogroups and their subclades named?". Family Tree DNA. 9 Ekim 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 31 Mart 2013.

[2]

[1]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]