De novo peptid dizileme
Kütle spektrometrisinde, de novo peptid dizilimi, bir peptid amino asit dizisinin ardışık kütle spektrometrisinden belirlendiği yöntemdir.
Protein sindiriminden peptitlerin amino asit dizisini bilmek, proteinin biyolojik işlevini incelemek için çok önemlidir. Eski günlerde bu, Edman'ın bozulma prosedürü ile gerçekleştiriliyordu.[1] Günümüzde, bir ardışık kütle spektrometresi ile analiz, peptitlerin dizilimini çözmek için daha yaygın bir yöntemdir. Genellikle iki yaklaşım vardır: veritabanı arama ve de novo dizileme. Veritabanı araması, bilinmeyen peptidin kütle spektrum verileri gönderildiği ve bilinen bir peptit sekansı ile bir eşleşme bulmak için çalıştırıldığı için basit bir versiyondur, en yüksek eşleşen puana sahip peptit seçilecektir.[2] Bu yaklaşım, yalnızca veri tabanındaki mevcut dizilerle eşleşebildiği için yeni peptitleri tanımada başarısız olur. De novo dizileme, bir kütle spektrumundan gelen parça iyonlarının tespitidir. Yorumlama için farklı algoritmalar[3] kullanılır ve çoğu cihaz de novo dizilime programları ile birlikte gelir.
Kaynakça
değiştir- ^ Edman (Mart 1967). "A Protein Sequenator". European Journal of Biochemistry. 1 (1): 80-91. doi:10.1111/j.1432-1033.1967.tb00047.x. PMID 6059350.
- ^ Webb-Robertson (20 Haziran 2007). "Current trends in computational inference from mass spectrometry-based proteomics" (PDF). Briefings in Bioinformatics. 8 (5): 304-317. doi:10.1093/bib/bbm023. PMID 17584764. 24 Temmuz 2018 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 15 Ekim 2020.
- ^ Lu (Mart 2004). "Algorithms for de novo peptide sequencing using tandem mass spectrometry". Drug Discovery Today: BIOSILICO. 2 (2): 85-90. doi:10.1016/S1741-8364(04)02387-X.