Fenerbahçe (basketbol takımı) 2006-07 sezonuna Ülkerspor ile birleşerek girdi. Ligi lider bitiren takım, play-off finalinde Efes Pilsen'i 4-0 ile sürklase etti ve 16 yıl sonra tarihindeki beşinci Türkiye şampiyonluğuna ulaştı.
Ülkerspor'la birleşme sonucu bu takımın EuroLeague haklarını da devralan sarı-lacivertliler son maçlara kadar son 16 umudunu sürdürse de evindeki sürpriz puan kayıplarıyla ilk sezonunda bu hedefine ulaşamadı.
2005-06 sezonunu şampiyon kapayan Ülkerspor, 100. yılında ligde ve Avrupa'da zirve hesapları yapan Fenerbahçe'yle birleşme kararı aldı. 15 Haziran 2006 tarihinde basına açıklanan birleşme sonucunda turuncu-yeşilliler EuroLeague katılım haklarını Fenerbahçe'ye devretti.
Ülkerspor, sarı lacivertlilere salon yapma taahhüdünde bulundu. Yönetim tarzı açısından ise şu hususlarda mutabık kalındı:
Fenerbahçe bünyesinde yeni bir yönetim kurulu oluşturulacak.
6 kişinin bulunacağı yönetim kurulunda Ülker Grubu'nun belirleyeceği bazı isimler de yer alacak.
Ülker yönetimi, Beşiktaş'a ve Galatasaray'a yaptığı sponsorluk desteğini 2006-07 sezonunda da sürdürme kararı aldı.[1]
Ülkerspor'la birleşme sonucunda sarı-lacivertli takım bir sezon öncesine kadar formasını giyen Ömer Onan ile anlaştı.
1985 yılında Fenerbahçe'nin altyapısında başladıktan sonra 1999'a dek kesintisiz sarı-lacivertli formayı giyen İbrahim Kutluay da yedi sezon aradan sonra 100. yılda eski takımına döndü.
100. yılda Fenerbahçe forması giymek isteyen bir diğer ulusal oyuncu Mirsad Türkcan ile de sözleşme imzalandı.
Sarı-lacivertliler bu kategoride pilot takım Alpella ile boy gösterdiler. Efes Pilsen'in pilot takımı Pertevniyal'in ardından İstanbul ikincisi olan Alpella, 30 Mayıs-4 Haziran 2007 tarihlerinde Diyarbakır'da düzenlenen Türkiye Şampiyonası'nda grup maçlarında Cebeci'yi 77-47, Oyak'ı 73-45, Beşiktaş'ı 75-72 yendi. Yarı finalde Pertevniyal'i 68-65 ile eleyen takım, finalde Karşıyaka'yı 64-53 yenerek Fenerbahçe'ye 25 yıl sonra genç erkekler kategorisinde Türkiye şampiyonluğunu kazandırdı.
Takım sezon başında 29 Eylül-1 Ekim 2006 tarihlerinde Lefkoşa'da düzenlenen 8. Doktor Fazıl Küçük Turnuvası'nın finalinde Efes Pilsen'i 76-70 mağlup ederek şampiyon oldu.
İstanbul Ligi'nde ise Efes Pilsen ile aynı puana sahip olarak averajla ikinci sırada kaldı.
8-13 Mayıs 2007 tarihlerinde düzenlenen Türkiye Şampiyonası'nda grup maçlarında Bosch'u 87-66, Uludağ Üniversitesi'ni 90-53, Kadıköy'ü 90-50 yendi. Çeyrek finalde TED Kolej'i 89-48 ile geçse de yarı finalde Karşıyaka'ya yenilerek elendi ve Türkiye üçüncüsü oldu.
Fenerbahçe bu kategoride de genç erkeklerdeki gibi Alpella pilot takımıyla mücadele etti ve İstanbul şampiyonu oldu. Ardından, 11-17 Haziran 2007 tarihlerinde Sakarya'da düzenlenen Türkiye Şampiyonası'nın finalinde Makospor'u 85-77 yenen Sarı-lacivertliler Türkiye şampiyonu oldu.
Sarı-lacivertliler 29 Ocak-2 Şubat 2007 tarihlerinde İzmir'de düzenlenen Yarının Yıldızları Minikler Şenliği'nde tüm rakiplerini yenerek namağlup şampiyon oldu.