RNA interferaz
RNA interferaz veya RNA girişimi (RNAi), canlı hücreler içinde yer alan ve hangi genlerin aktif olacağını ve nasıl aktif olacaklarını belirleyen ve kontrol eden bir sistemin ismi. Küçük RNA moleküllerinin iki tipi, -mikroRNA (miRNA) ve küçük interferans RNA'sı (siRNA)- RNA interferaz için büyük önem taşır. RNA'lar genlerin doğrudan ürünü olup bu küçük RNA'lar, ya faaliyetlerini artırmak veya azaltmak suretiyle, örneğin bir mesajcı RNA'nın protein üretmesini engelleyerek diğer özel RNA'lar (mRNA) ile bağlanabilirler. RNA interferaz, hücreyi parazitik genlere - virüs ve transpozonlar - karşı savunmada, bunun yanında genel olarak gelişmeyi yönlendirmede olduğu gibi gen ifadesinden de önemli bir role sahiptir.
RNA interferazın iz yolları hayvanlar dahil birçok ökaryotta bulunur ve bu süreç, çift sarmallı RNA (dsRNA) moleküllerini siRNA denilen ve ~ 20 nükleotitten oluşan küçük fragman parçalarına ayıran Dicer isimli bir enzim tarafından başlatılır. Her bir siRNA'sı, iki adet tek sarmallı (ss) ssRNA'ya bağlanır, tam olarak isimleriyle yolcu sarmal ile kılavuz sarmala. Yolcu sarmal indirgenerek ayrıştırılırken kılavuz iplikçik RNA-indüklenmiş susturma kompleksi (RISC) içine yerleştirilerek dahil edilir. Transkripsiyon sonrası sessizleşme'nin (PTGS) iyi araştırılmış olan çoğu sonuçları, kılavuz sarmal bazının bir mesajcı RNA molekülünün tamamlayıcı bir dizisiyle eşleştiğinde ortaya çıkar ve RISC kompleksinin katalitik bileşeni olan argonot argo proteinin bölünmesin neden olur. Bu süreç, siRNA'nın başlangıçta sahip olduğu sınırlı molar konsantrasyonuna rağmen organizma içinde sistemik bir şekilde yayılmasıyla tanınır. Gen ifadesi üzerinde RNAi'nin var olan seçici ve güçlü etkisi, hem oluşturulan bir hücre kültürünün, hem de yaşayan organizmaların incelenmesi için, hücre içine aktarılan sentetik dsRNA'larının ilgilenilen belirli genlerin baskılanmalarına neden olduğundan değerli bir araştırma aracı yapar. Bunun yanında RNAi, sistematik olarak, belirli bir hücresel süreç için gerekli bileşenlerin ya da hücre bölünmesi gibi bir olayın belirlenmesinde yardımcı olabilen ve hücredeki her geni sistematik bir şekilde kilitleyen büyük ölçekli elemeler ve ayırmalar için de kullanılabilir. Bu iz yolunun kullanılması biyoteknoloji ve tıp alanında gelecek vadeden bir araçtır.
Tarihsel olarak RNA interferaz, transkripsiyon sonrası sessizleşme, bastırılma veya bir genin diğerine üstün gelmesi gibi başka isimlerle de biliniyordu. Görünüşte birbirleriyle ilgisiz görünen bu süreçlerin tam olarak anlaşılmasından sonra, bunların hepsinin RNAi olgusu tanımladıkları da açıklık kazanmıştır. 2006 yılında, Andrew Fire ve Craig C. Mello, ipliksi solucan C. elegans'taki RNA interferaz üzerinde yaptıkları ve 1998 yılında yayınladıkları[1] çalışmaları dolayısıyla Nobel Fizyoloji veya Tıp ödülünü paylaştılar.[2]
Kaynakça
değiştir- ^ Fire A, Xu S, Montgomery M, Kostas S, Driver S, Mello C (1998). "Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans". Nature. 391 (6669). ss. 806-11. Bibcode:1998Natur.391..806F. doi:10.1038/35888. PMID 9486653.
- ^ Daneholt, Bertil. "Advanced Information: RNA interference". The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006. 5 Eylül 2011 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 25 Ocak 2007.
Dış bağlantılar
değiştir- Ökaryotlarda Gen Anlatımının Düzenlenmesi, udes.iku.edu.tr/dersler/moleküler genetik (Türkçe)
- Epigenetik Mekanizmalar, Hacettepe Tıp Dergisi (Türkçe)
- Bitkilerde Biyoteknolojik Uygulamalar, Prof. Nermin Gözükırmızı, İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü 25 Kasım 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (Türkçe)
- RNAi Atlas: a database of RNAi libraries and their target analysis results in Homo sapians (İngilizce)
- Overview of the RNAi process1 Kasım 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., from Cambridge University's The Naked Scientists (İngilizce)
- Animation of the RNAi process21 Eylül 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., from Nature (İngilizce)
- NOVA scienceNOW explains RNAi21 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. – A 15 minute video of the Nova broadcast that aired on PBS, July 26, 2005 (İngilizce)
- Planting the Seeds of a New Paradigm5 Nisan 2004 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (İngilizce)
- Silencing Genomes10 Ağustos 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. RNA interference (RNAi) experiments and bioinformatics in C. elegans for education. From the Dolan DNA Learning Center of Cold Spring Harbor Laboratory. (İngilizce)
- RNAi screens in C. elegans in a 96-well liquid format and their application to the systematic identification of genetic interactions (a protocol) (İngilizce)
- 2 American ‘Worm People’ Win Nobel for RNA Work30 Aralık 2018 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., from NY Times (İngilizce)
- Molecular Therapy web focus: "The development of RNAi as a therapeutic strategy" 16 Temmuz 2012 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., a collection of free articles about RNAi as a therapeutic strategy. (İngilizce)
- DesiRM6 Aralık 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.: Designing of Complementary and Mismatch siRNAs for Silencing a Gene (İngilizce)
- GenomeRNAi10 Kasım 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.: a database of phenotypes from RNA interference screening experiments in Drosophila melanogaster and Homo sapians (İngilizce)