Vikipedi

Sentetik biyoloji

Bu sayfanın herhangi bir incelenmiş sürümü bulunmuyor; bu yüzden standartlara uygunluk açısından kontrol edilmemiş olabilir.

Sentetik biyoloji, yaşamın temel bileşenlerini yeniden tasarlayıp inşa etmeyi amaçlayan, mühendislik prensiplerini biyolojiyle bütünleştiren, hızla gelişen bir disiplin olarak tanımlanabilir.[1][2] Bu disiplin, doğada var olan biyolojik sistemleri anlamaya, modellemeye ve manipüle etmenin yanı sıra, yeni biyolojik işlevler ve sistemler yaratma potansiyeline de sahiptir.[3] Sentetik biyoloji, özellikle standart hale gelmiş olan DNA, RNA, proteinler, enzimler gibi biyolojik parçaların kullanımını teşvik ederek, karmaşık sistemlerin daha kolay ve öngörülebilir bir şekilde tasarlanmasını ya da inşa edilmesini mümkün kılabilmektedir.[4] Sentetik biyoloji, biyolojik sistemlerin modüler bir şekilde yeniden programlanmasıyla, enerji üretimi, çevresel kirlilik, sağlık sorunları gibi günümüzde var olan ciddi ve çeşitli sorunlara çözüm üretmeyi hedeflemektedir. Özellikle CRISPR-Cas9 gibi genom düzenleme teknolojileri kullanılarak, sentetik biyoloji alanında devrim yaratmış, genetik materyalin daha hassas ve verimli bir şekilde değiştirilmesine olanak sağlamıştır.[5][6] Sentetik biyoloji, biyoyakıtlar, biyomalzemeler, ilaçlar, çeşitli tanı araçları, ve biyosensörler gibi birçok farklı alanda uygulamalarda bulunmaktadır.[7] Bu alandaki çalışmalar, sadece mevcut canlı sistemleri anlama ve manipüle etme sınırlarını zorlamak ve çeşitlendirmekle kalmayıp, aynı zamanda tamamen yeni yaşam formları ve özelliklerini tasarlama, inşa etme potansiyelini de içinde bulundurmaktadır.[8] Sentetik biyoloji "sentetik yaşam" kavramını yeniden tanımlayarak, yaşamın ne olduğuna dair temel felsefi ve etik soruların da gündeme gelmesine yol açmaktadır. Ayrıca, sentetik biyolojinin, plastiklerin biyolojik olarak parçalanması, atıkların değerlendirilmesi gibi çeşitli çevresel sorunların çözümüne katkı sağlayabileceği ve bu tür uygulamalara toplumun bakış açısı da önemli bir gelişme sağlayabileceği düşünülmektedir. Sonuç olarak, sentetik biyoloji, hem bilimsel hem de toplumsal düzeyde önemli bir dönüşüm potansiyeline sahip, gelecek vadeden bir disiplin olarak açıklanabilir.[9]

Tarihçe

değiştir

Sentetik biyolojinin tarihçesi, genetik mühendisliğinin erken dönem çalışmalarından başlayarak, standartlaştırılmış biyolojik parçaların, genetik devrelerin ve mühendislik yaklaşımlarının geliştirilmesine kadar uzanmaktadır.[2] İlk başlarda deneysel bir alan olarak ortaya çıkan sentetik biyoloji, günümüzde sağlık, endüstri ve çevre gibi çeşitli alanlarda da uygulama potansiyeline sahip bir disiplin haline gelmiştir.[2][3] Sentetik biyoloji alanındaki her yeni gelişime, etik ve sosyal etkileri de beraberinde getirmektedir. Bu durum sürekli bir gelişme ve tartışma ortamının oluşmasına sebep olmaktadır.

Erken Dönem Sentetik Biyoloji (1970'ler-1990'lar)

değiştir

•Rekombinant DNA Teknolojisi

1970'lerde rekombinant DNA teknolojisinin geliştirilmesi, genetik materyalin şekillendirilmesinin önünü açtı. Bu teknoloji, genlerin farklı organizmalara aktarılmasına olanak sağlayan ve yeni biyolojik işlevlerin oluşturulmasına yardımcı olan temel bir araç haline gelmiştir.[2]

•Genetik Mühendisliği

Bu dönemde yapılan genetik mühendisliği çalışmaları, özellikle mikroorganizmaların metabolik yollarını değiştirerek belirli maddeleri üretmelerini sağlamak üzerine yürütülmüştür.[2]

•Biyoteknolojinin Gelişimi

Biyoteknoloji alanındaki ilerlemeler, genetik mühendisliğinin ticari uygulamalarını mümkün kılmıştır ve sentetik biyolojinin oluşması için sağlam bir zemin hazırlamıştır.[2]

Sentetik Biyolojinin Doğuşu (2000'ler)

değiştir

•Standart Biyolojik Parçalar

2000'li yılların başında, biyolojik parçaların (genler, ribozom bağlanma bölgeleri vb.) standartlaştırılması fikri ortaya çıkmıştır. Bu fikir, biyolojik sistemlerin mühendislik yaklaşımıyla tasarlanabilmesini ve inşa edilebilmesini kolaylaştırmıştır.[2]

•Genetik Devreler

Genetik devrelerin (lojik kapılar, osilatörler, anahtarlar) tasarlanması ve inşa edilmesi, sentetik biyolojinin temel unsurlarından biri haline gelmiştir.[2] Bu devreler, hücrelerin belirli uyaranlara tepki vermesini, belirli zamanlarda belirli proteinleri üretmesini veya belirli görevleri yerine getirmesini sağlamıştı.[3]

•İnternet Ortamında Biyolojik Parça Kayıtları

Biyolojik parçaların paylaşıldığı ve standartların geliştirildiği BioBricks gibi açık kaynaklı platformlar oluşturulmuştur . Oluşturulan bu platformlar, sentetik biyoloji alanındaki işbirliğinin artmasını teşvik etmiştir.[2]

Sentetik Biyoloji Alanın Olgunlaşması (2010'lar ve Sonrası)

değiştir

•Geniş Uygulama Alanları

Sentetik biyoloji, sağlık, çevre, endüstri gibi pek çok alanda uygulanmaya başlandı. İlaç geliştirme, teşhis araçları, biyoyakıt üretimi, biyoremediasyon ve yeni malzeme geliştirme gibi çeşitli alanlarda önemli ilerlemeler kaydedilmiştir.[2]

•Yapay Yaşam Çalışmaları

Sentetik biyoloji, minimal hücrelerin tasarımı ve yapay yaşam oluşturma gibi daha komplike hedeflere yönelmiştir.[2] Bu alanda yapılan çalışmalar, yaşamın temel bileşenlerini ve işleyişini daha iyi anlamamıza yardımcı olmuştur.

•Gen Düzenleme Teknolojileri

CRISPR gibi gen düzenleme teknolojilerinin gelişmesiyle, sentetik biyoloji çalışmaları daha hızlanmış, daha hassas ve verimli hale gelmiştir.[4]

•Otomasyon ve Yüksek Verimlilik

Sentetik biyoloji araştırmalarında otomasyon ve yüksek verimli yöntemlerin kullanımı yaygınlaşmıştır. Bu yöntemlerin yaygınlaşması, daha karmaşık sistemlerin tasarlanmasını ve test edilebilmesini mümkün kılmıştır.[8]

•Etik Tartışmalar

Sentetik biyolojinin potansiyel riskleri ve etik sonuçları hakkında artan bir farkındalık oluşmuştur. Biyogüvenlik ve biyoetik konularının daha fazla önem kazanmasına sebep olmuştur.[6]

Uygulama Alanları

değiştir

Tıp ve İlaç Geliştirme

değiştir

İlaç Üretimi ve Keşfi

Sentetik biyoloji, karmaşık ilaç moleküllerini, antibiyotikleri ve aşıları üretmek amacıyla genetik olarak değişiklik yapılmış mikroorganizmaları kullanmaktadır. İnsülin ve bazı aşılar, sentetik biyoloji teknikleriyle üretilen ürünlere örnek olarak gösterilebilir.[3]

"Sentetik biyoloji, yeni ilaç hedeflerini belirlemek ve bu hedeflere yönelik moleküller tasarlamak amacıyla kullanılabilir." [3]

Sentetik biyoloji yöntemleri, ilaç üretim maliyetlerini düşürerek bu ilaçları daha erişilebilir hale getirir.[5]

Tanı ve Tedavi

Hastalıkların erken teşhis edilebilmesi için farklı biyosensörler geliştirilebilir. Biyosensörler, vücut sıvılarındaki belirli biyobelirteçleri tespit ederek hastalıkların daha hızlı tanınmasına imkan sunar.[5]

"Sentetik biyoloji, kanser gibi karmaşık hastalıklar için hedefe yönelik tedaviler geliştirmek için kullanılabilir." [5]

Kişiselleştirilmiş Tıp ve İlaç Geliştirme

Sentetik biyoloji, hastalıkların teşhis ve tedavisinde devrim yaratma potansiyeline sahip bir yaklaşımdır ve kişiselleştirilmiş tıp, kişiselleştirilmiş tedavi gibi yöntemlerin önünün açılmasına fayda sağlayacaktır.[5]

Gelecekte, sentetik biyoloji ile tasarlanmış ilaçlar, her bireyin genetik yapısına uygun olarak üretilebilecek ve bu sayede bireysel tedavilerin etkinliğinin artması sağlanacaktır.[3]

Endüstriyel Biyoteknoloji

değiştir

Biyoyakıtlar ve Enerji Üretimi

değiştir

"Sentetik biyoloji, şeker ve selüloz gibi yenilenebilir kaynaklardan elde edilen biyoyakıtların üretim verimliliğini artırarak sürdürülebilir enerji çözümlerine katkı sağlar." Genetik olarak modifiye edilmiş mikroorganizmalar, biyoyakıt üretim süreçlerini optimize etmektedir.[9] Sentetik biyoloji, biyoyakıt üretiminde kullanılan biyokütlenin daha verimli şekilde işlenmesini sağlayacak yeni enzimler ve metabolik yollar geliştirilebilir." [10]

Sentetik biyoloji, biyoyakıtların üretiminde kullanılan mikroorganizmaların genetik olarak değişiklik yapılmasıyla, enerji verimliliğini arttırmaya ve çevre dostu yakıtların üretilmesine türlü katkılarda bulunmaktadır. Örneğin, alglerin genetik modifikasyonu ile yüksek verimli biyodizel üretimini gerçekleştirilebilmektedir.[11]

Kimyasal Üretim

Kimyasal endüstride kullanılan hammaddelerin büyük bir kısmı petrol bazlıdır. Sentetik biyoloji sayesinde, mikroorganizmalar aracılığıyla biyo-temelli kimyasallar üretmek mümkün hale gelmiştir. Genetiği değiştirilmiş Escherichia coli ( E.coli) bakterileri, biyoplastik üretimi için laktik asit ve poli-laktik asit (PLA) gibi bileşenleri sentezleyebilmesi örnek olarak verilebilir.[7]

Malzeme Bilimi

Sentetik biyoloji, endüstride kullanılan yenilikçi biyomalzemelerin üretilmesini sağlayabilmektedir . Örümcek ipeğine benzer dayanıklı ve esnek proteinler üretebilen mikroorganizmalar geliştirilmesi buna örnektir. Bu tür biyomalzemeler, tekstilden tıbbi implantlara kadar çeşitli sektörlerde kullanılmaktadır.[12]

Atık Yönetimi ve Biyoremediasyon

Endüstriyel atıkların temizlenmesi ve geri dönüşümü, sentetik biyolojinin sunduğu araçlarla daha verimli hale getirilebilmektedir. Genetiği değiştirilmiş mikroorganizmalar, toksik atıkları parçalamak veya ağır metalleri ortadan kaldırmak amacıyla kullanılabilmektedir.[11]

Etik ve Toplumsal Tartışmalar

değiştir

İnsan Genom Düzenlenmesi

Sentetik biyoloji, CRISPR-Cas9 gibi teknolojilerle insan DNA'sını değiştirme imkanı sunar. Bu durum, genetik hastalıkları tedavi etme potansiyelinin yanında, "tasarım bebekler" gibi etik sorunları gündeme getirmektedir .[13] Bu teknolojilerin kullanımı, eşitlik, rıza ve uzun vadeli etkiler gibi konularda çeşitli endişelere yol açmaktadır.[14]

Çift Kullanımın Riskleri

Sentetik biyoloji, aşı geliştirmek gibi yararlı amaçlarının yanında, sentetik patojenler veya biyolojik silahlar üretmek gibi kötü niyetli amaçlar için de kullanılabilir.[15] Bu riskler, inovasyonu kısıtlamadan güvenliği sağlamak için uygun düzenlemeleri ve güvenlik önlemlerinin alınmasını gerektirmektedir.[16]

Çevresel Kaygılar ve Ekolojik Riskler

Sentetik organizmaların çevreye salınması, doğal türlerle rekabet etme, ekosistemleri bozma ve genetik materyalin yayılması gibi öngörülemeyen çeşitli sonuçlara yol açabilir .[17] Bu riskleri en aza indirmek için etkili sınırlama stratejileri ve izleme sistemlerinin kurulması gerekmektedir .[9]

Fikri Mülkiyet ( Patent/ Telif Hakkı) ve Erişim Eşitsizliği

Sentetik biyoloji alanındaki yenilikler, genellikle fikri mülkiyet haklarıyla korunmaktadır. Bu durum, özellikle düşük gelirli ülkelerde hayati teknolojilere erişimin kısıtlanmasına neden olabilir .[18] İnovasyonu teşvik etmek ve faydalara adil erişimi sağlamak arasındaki dengenin sağlanabilirliği, önemli bir etik tartışma konusudur .[19]

Yaşam Yaratımının Ahlaki Tartışmaları

Sentetik biyoloji ile genetik materyali sentezleyerek "yaşam yaratma" yeteneğinin olması ihtimali, yaşamın doğası ve kökenleri hakkındaki felsefi ve dini anlayışları sorgulatmaktadır .[20] Bu durum, bilim insanları, etik uzmanları ve teologlar gibi alanında uzman kişiler arasında disiplinler arası bir tartışma ihtiyacı duymaktadır.[21]

Halk Algısı ve Sosyal Kabul

Sentetik biyoloji, halkın algısı ve kabulü açısından bazı zorluklar içerebilmektedir. Bu nedenle şeffaf iletişim, yeterli açıklama ve halkın katılımı önemlidir. Ayrıca bazı bireyler bu teknolojilerin çevresel sorunları çözmede büyük bir potansiyel sunduğunu kabul ediyor olsa bile , "doğal yaşamın müdahaleye uğraması" gibi var olan çeşitli endişeler bu çözümlerle ilgili olumsuz algıları şekillenmesine sebep olabilmektedir.[22] Yanlış bilgilendirme ve korkuya dayalı olan yaklaşımlar, sentetik biyolojiye karşı gereksiz bir direnç oluşmasına sebep olabilecektir.[23]

Gelecek Perspektifleri

değiştir

Biyomalzeme ve Biyoyakıt Üretiminde Devrim

Sentetik biyoloji, gelecekte, genetik olarak tasarlanmış mikroorganizmalar ve enzimler, sürdürülebilir biyomalzemelerin ve gelişmiş biyoyakıtların daha verimli, uygun maliyetli ve daha çevre dostu bir şekilde üretilmesini sağlayarak, endüstriyel süreçlerde devrim yaratma potansiyeline sahip olacaktır.[9][10]

Kişiselleştirilmiş Tıp ve İlaç Geliştirme

Sentetik biyoloji ile tasarlanmış ilaçlar, her bireyin genetik yapısına uygun olarak üretilerek tedavilerin etkinliği artırılabilecek, hastalıkların teşhis ve tedavisinde devrim yaratma potansiyeline sahiptir ve kişiselleştirilmiş tıp yaklaşımlarının önünü açacaktır.[3][23]

Çevre Sorunlarına Yenilikçi Çözümler

Sentetik biyoloji, genetik olarak değiştirilmiş bitkiler ve mikroorganizmalar kullanarak ve biyoremediasyon yöntemlerini geliştirerek çevre kirliliğini giderme, atık yönetimi gibi çevresel sorunlar konusunda daha sürdürülebilir, daha etkili ve doğal çözümler sunma potansiyeline sahiptir .[16][22]

Kaynakça

değiştir
  1. ^ Rainford, Penelope Faulkner; Sebald, Angelika; Stepney, Susan (Mayıs 2020). "MetaChem: An Algebraic Framework for Artificial Chemistries". Artificial Life (İngilizce). 26 (2): 153-195. doi:10.1162/artl_a_00315. ISSN 1064-5462. 
  2. ^ a b c d e f g h i j k Haseloff, Jim; Ajioka, Jim (6 Ağustos 2009). "Synthetic biology: history, challenges and prospects". Journal of The Royal Society Interface (İngilizce). 6 (suppl_4). doi:10.1098/rsif.2009.0176.focus. ISSN 1742-5689. PMC 2843964 $2. PMID 19493895. 
  3. ^ a b c d e f g Khalil, Ahmad S.; Collins, James J. (Mayıs 2010). "Synthetic biology: applications come of age". Nature Reviews Genetics (İngilizce). 11 (5): 367-379. doi:10.1038/nrg2775. ISSN 1471-0056. PMC 2896386 $2. PMID 20395970. 
  4. ^ a b Doudna, Jennifer A.; Charpentier, Emmanuelle (28 Kasım 2014). "The new frontier of genome engineering with CRISPR-Cas9". Science (İngilizce). 346 (6213). doi:10.1126/science.1258096. ISSN 0036-8075. 
  5. ^ a b c d e Gao, Xiangwen; Chen, Yuhui; Johnson, Lee; Bruce, Peter G. (Ağustos 2016). "Erratum: Promoting solution phase discharge in Li–O2 batteries containing weakly solvating electrolyte solutions". Nature Materials (İngilizce). 15 (8): 918-918. doi:10.1038/nmat4691. ISSN 1476-1122. 
  6. ^ a b Puniya, Bhanwar Lal; Allen, Laura; Hochfelder, Colleen; Majumder, Mahbubul; Helikar, Tomáš (11 Şubat 2016). "Systems Perturbation Analysis of a Large-Scale Signal Transduction Model Reveals Potentially Influential Candidates for Cancer Therapeutics". Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 4. doi:10.3389/fbioe.2016.00010. ISSN 2296-4185. PMC 4750464 $2. PMID 26904540. 
  7. ^ a b Tkach, Mercedes; Théry, Clotilde (Mart 2016). "Communication by Extracellular Vesicles: Where We Are and Where We Need to Go". Cell (İngilizce). 164 (6): 1226-1232. doi:10.1016/j.cell.2016.01.043. 
  8. ^ a b Nielsen, Alec AK; Voigt, Christopher A (Kasım 2014). "Multi‐input CRISPR / C as genetic circuits that interface host regulatory networks". Molecular Systems Biology (İngilizce). 10 (11). doi:10.15252/msb.20145735. ISSN 1744-4292. PMC 4299604 $2. PMID 25422271. 
  9. ^ a b c d Voigt, Christopher A. (11 Aralık 2020). "Synthetic biology 2020–2030: six commercially-available products that are changing our world". Nature Communications (İngilizce). 11 (1). doi:10.1038/s41467-020-20122-2. ISSN 2041-1723. PMC 7733420 $2. PMID 33311504. 
  10. ^ a b Clarke, Lionel; Kitney, Richard (28 Şubat 2020). "Developing synthetic biology for industrial biotechnology applications". Biochemical Society Transactions (İngilizce). 48 (1): 113-122. doi:10.1042/BST20190349. ISSN 0300-5127. PMC 7054743 $2. PMID 32077472. 
  11. ^ a b Gasser, Brigitte; Dragosits, Martin; Mattanovich, Diethard (Kasım 2010). "Engineering of biotin-prototrophy in Pichia pastoris for robust production processes". Metabolic Engineering (İngilizce). 12 (6): 573-580. doi:10.1016/j.ymben.2010.07.002. 
  12. ^ Liu, Zhengtao; Zhang, Cheng; Lee, Sunjae; Kim, Woonghee; Klevstig, Martina; Harzandi, Azadeh M.; Sikanic, Natasa; Arif, Muhammad; Ståhlman, Marcus; Nielsen, Jens; Uhlen, Mathias (Mart 2019). "Pyruvate kinase L/R is a regulator of lipid metabolism and mitochondrial function". Metabolic Engineering (İngilizce). 52: 263-272. doi:10.1016/j.ymben.2019.01.001. 
  13. ^ Garner, Kathryn L. (2 Kasım 2021). "Principles of synthetic biology". Essays in Biochemistry (İngilizce). 65 (5): 791-811. doi:10.1042/EBC20200059. ISSN 0071-1365. PMC 8578974 $2. PMID 34693448. 
  14. ^ Stoesser, Guenter (15 Ekim 2004), NCBI (National Center for Biotechnology Information), John Wiley & Sons, Inc., erişim tarihi: 29 Ocak 2025 
  15. ^ Schmidt, Markus; Ganguli-Mitra, Agomoni; Torgersen, Helge; Kelle, Alexander; Deplazes, Anna; Biller-Andorno, Nikola (Aralık 2009). "A priority paper for the societal and ethical aspects of synthetic biology". Systems and Synthetic Biology. 3 (1-4): 3-7. doi:10.1007/s11693-009-9034-7. ISSN 1872-5325. PMC 2759426 $2. PMID 19816794. 
  16. ^ a b Meng, Fankang; Ellis, Tom (14 Ekim 2020). "The second decade of synthetic biology: 2010–2020". Nature Communications (İngilizce). 11 (1). doi:10.1038/s41467-020-19092-2. ISSN 2041-1723. PMC 7560693 $2. PMID 33057059. 
  17. ^ McIntyre, Thomas M. (Ekim 2012). "Bioactive Oxidatively Truncated Phospholipids in Inflammation and Apoptosis: Formation, Targets, and Inactivation". Biochimica et Biophysica Acta. 1818 (10): 2456-2464. doi:10.1016/j.bbamem.2012.03.004. ISSN 0006-3002. PMC 3389264 $2. PMID 22445850. 
  18. ^ HÄYRY, MATTI (31 Mart 2017). "Synthetic Biology and Ethics: Past, Present, and Future". Cambridge Quarterly of Healthcare Ethics. 26 (2): 186-205. doi:10.1017/s0963180116000803. ISSN 0963-1801. 
  19. ^ Katz, Leonard; Chen, Yvonne Y; Gonzalez, Ramon; Peterson, Todd C; Zhao, Huimin; Baltz, Richard H (1 Temmuz 2018). "Synthetic biology advances and applications in the biotechnology industry: a perspective". Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology (İngilizce). 45 (7): 449-461. doi:10.1007/s10295-018-2056-y. ISSN 1476-5535. 
  20. ^ "New Directions. The Ethics of Synthetic Biology and Emerging Technologies. Executive Summary and Recommendations". Jahrbuch für Wissenschaft und Ethik. 16 (1). Ocak 2012. doi:10.1515/jfwe.2012.557. ISSN 1613-1142. 
  21. ^ Fernau, Sandra; Braun, Matthias; Dabrock, Peter (28 Temmuz 2020). Linkov, Igor (Ed.). "What is (synthetic) life? basic concepts of life in synthetic biology". PLOS ONE (İngilizce). 15 (7): e0235808. doi:10.1371/journal.pone.0235808. ISSN 1932-6203. PMC 7386558 $2. PMID 32722674. 
  22. ^ a b Hobman, Elizabeth V.; Mankad, Aditi; Carter, Lucy (7 Temmuz 2022). "Public Perceptions of Synthetic Biology Solutions for Environmental Problems". Frontiers in Environmental Science. 10. doi:10.3389/fenvs.2022.928732. ISSN 2296-665X. 
  23. ^ a b Ausländer, Simon; Ausländer, David; Fussenegger, Martin (Haziran 2017). "Synthetic Biology—The Synthesis of Biology". Angewandte Chemie International Edition (İngilizce). 56 (23): 6396-6419. doi:10.1002/anie.201609229. ISSN 1433-7851. 
"https://tr.wikipedia.org/wiki/Sentetik_biyoloji" sayfasından alınmıştır