Transkripsiyon faktör sınıfları listesi

Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:^[1]^[2]^[3]

1 Üst sınıf: Bazik bölgeler (Bazik-sarmal-halka-sarmal)

- 1.1 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP)
  - 1.1.1 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir
  - 1.1.2 Aile: CREB
  - 1.1.3 Aile: C/EBP-türü faktörler
  - 1.1.4 Aile: bZIP / PAR
  - 1.1.5 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler
  - 1.1.6 Aile: sade ZIP
- 1.2 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH)
  - 1.2.1 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler
  - 1.2.2 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD)
  - 1.2.3 Aile: Achaete-Scute
  - 1.2.4 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen
- 1.3 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP)
  - 1.3.1 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir
  - 1.3.2 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir
- 1.4 Sınıf: NF-1
  - 1.4.1 Aile: NF-1 (NFIC)
- 1.5 Sınıf: RF-X
  - 1.5.1 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5)
- 1.6 Sınıf: bHSH

2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri
- 2.1 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi
  - 2.1.1 Aile: Steroit hormon receptörleri
  - 2.1.2 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler
- 2.2 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları
  - 2.2.1 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri
- 2.3 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi
  - 2.3.1 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil
  - 2.3.2 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir
  - 2.3.4 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler
- 2.4 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli
- 2.5 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar
3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal

Antennapedia homeobölge proteinin DNA'ya bağlanmış hali

- 3.1 Sınıf: Homeo bölgesi
  - 3.1.1 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir
  - 3.1.2 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir
  - 3.1.3 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi
  - 3.1.4 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri
- 3.2 Sınıf: Eşli kutu (paired box)
  - 3.2.1 Aile: Eşli ile homeo bölgesi
  - 3.2.2 Aile: Yalnızca Eşli bölge
- 3.3 Sınıf: Fork head / winged helix
  - 3.3.1 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir
  - 3.3.2 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler
  - 3.3.3 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri
  - 3.3.0 Aile: diğer düzenleyiciler
- 3.4 Sınıf: Isı şoku faktörleri
  - 3.4.1 Aile: HSF
- 3.5 Sınıf: Tryptofan öbekleri
  - 3.5.1 Aile: Myb
  - 3.5.2 Aile: Ets-benzeri
  - 3.5.3 Aile: Interferon düzenleyici faktörler
- 3.6 Sınıf: TEA bölgesi
  - 3.6.1 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)
4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri
- 4.1 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi)
  - 4.1.1 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB
  - 4.1.2 Aile: yalnızca ankyrin
  - 4.1.3 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2)
- 4.2 Sınıf: STAT
  - 4.2.1 Aile: STAT
- 4.3 Sınıf: p53
  - 4.3.1 Aile: p53
- 4.4 Sınıf: MADS-kutusu
  - 4.4.1 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir
    - 4.4.2 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü)
- 4.5 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri
- 4.6 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri
  - 4.6.1 Aile: TBP
  - 4.7.1 Aile: SOX, SRY
  - 4.7.2 Aile: TCF-1
  - 4.7.3 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1
  - 4.7.5 Aile: MATA
- 4.8 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler
  - 4.8.1 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri
- 4.9 Sınıf: Grainyhead
  - 4.9.1 Aile: Grainyhead
- 4.10 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri
  - 4.10.1 Aile: csd
- 4.11 Sınıf: Runt
  - 4.11.1 Aile: Runt
0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri
- 0.1 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri
- 0.2 Sınıf: HMGI(Y)
  - 0.2.1 Aile: HMGI(Y)
- 0.3 Sınıf: Cep bölgesi
- 0.4 Sınıf: E1A-benzeri faktörler
- 0.5 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler

Kaynakça

^ Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain Classification of transcription factors". Genome informatics. International Conference on Genome Informatics. 15 (2). ss. 276-86. PMID 15706513. 19 Haziran 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008.
^ Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E (2006). "TRANSFAC^® and its module TRANSCompel:^® transcriptional gene regulation in eukaryotes". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue). ss. D108-10. doi:10.1093/nar/gkj143. PMID 16381825.
^ "TRANSFAC^® database". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008.

[pmid15706513-1] Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain Classification of transcription factors". Genome informatics. International Conference on Genome Informatics. 15 (2). ss. 276-86. PMID 15706513. 19 Haziran 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008.

[pmid16381825-2] Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E (2006). "TRANSFAC^® and its module TRANSCompel:^® transcriptional gene regulation in eukaryotes". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue). ss. D108-10. doi:10.1093/nar/gkj143. PMID 16381825.

[3] "TRANSFAC^® database". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008.

[1]

[2]

[3]