Guide to Pharmacology

IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY
İçerik
Açıklama	Reçeteli ilaçların tüm insan hedefleri hakkında farmakolojik bilgi sağlayan çevrimiçi, açık erişimli bir portal
Yakalanan veri türleri	Hedef adlandırması, farmakolojik veriler, ligand yapıları
Organizmalar	İnsan, Fare, Sıçan
İletişim
Araştırma	Edinburgh Üniversitesi, Birleşik Krallık
Birincil alıntı	The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2020: extending immunopharmacology content and introducing the IUPHAR/MMV Guide to MALARIA PHARMACOLOGY
Erişim
İnternet sitesi	guidetopharmacology.org
Web hizmeti bağlantısı	guidetopharmacology.org/webServices.jsp
Sparql uç noktası	rdf.guidetopharmacology.org/sparql
Diğer
Sürümleme	İçerik yaklaşık üç ayda bir güncellenir (yani 2020.2 [yıl].[sürüm numarası]'nı gösterir)
Kürasyon politikası	Manuel, kurum içi

IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY, ruhsatlı ilaçların ve diğer küçük moleküllerin biyolojik hedefleri hakkında bilgi sağlayan bir portal görevi gören açık erişimli bir web sitesidir. Guide to PHARMACOLOGY (GtoPdb standart kısaltmadır) Uluslararası Temel ve Klinik Farmakoloji Birliği (IUPHAR) ve Britanya Farmakoloji Topluluğu (BPS) arasında ortak bir girişim olarak geliştirilmiştir. Bu, orijinal 2009 IUPHAR Veritabanının (standart kısaltma IUPHAR-DB) yerini almakta ve onu genişletmektedir. Guide to PHARMACOLOGY, tüm farmakolojik hedeflere ilişkin kısa ve öz bir genel bakış sunmayı, bilimsel ve klinik toplulukların tüm üyeleri ve ilgili kamuoyu tarafından erişilebilir olmayı ve seçilmiş bir dizi hedefe ilişkin ayrıntılara bağlantılar sağlamayı amaçlamaktadır. Sunulan bilgiler arasında farmakolojik veriler, hedef ve gen isimlendirmesinin yanı sıra ligandlar için düzenlenmiş kimyasal bilgiler de yer almaktadır. Her bir hedef ailesine ilişkin genel bakışlar ve yorumlar, temel referanslara bağlantılar ile birlikte yer almaktadır.

Arka plan ve geliştirme

Guide to PHARMACOLOGY ilk olarak Aralık 2011'de çevrimiçi olarak kullanıma sunulmuş ve Temmuz 2012'de ek materyaller yayınlanmıştır. Edinburgh Üniversitesinde bulunan bir küratör ekibi tarafından sürdürülen Guide to PHARMACOLOGY, aralarında Concise Guide to PHARMACOLOGY editörlerinin de bulunduğu uluslararası bir katılımcı ağı tarafından geliştirilmiştir. Orijinal IUPHAR-DB'de olduğu gibi, Uluslararası Temel ve Klinik Farmakoloji Birliği (IUPHAR) Reseptör Nomenklatürü ve İlaç Sınıflandırma Komitesi (NC-IUPHAR), veri tabanı için bilimsel danışma ve yayın kurulu olarak görev yapmaktadır. Komitenin 500'den fazla uzman danışmandan oluşan ağı (~90 alt komite halinde organize edilmiştir) uzmanlık ve veri katkısında bulunmaktadır. GtoPdb projesinin şu anki PI ve Grant sahibi Prof. Jamie A. Davies'tir. GtoPdb'nin geliştirilmesi ve 2012'de ilk versiyonunun yayınlanması, British Journal of Pharmacology'de yayınlanan 'Guide to Pharmacology.org- an update' başlıklı bir başyazıda anlatılmıştır.^[2] IUPHAR-DB artık geliştirilmemektedir ve bu sitede yer alan tüm bilgilere artık Guide to PHARMACOLOGY üzerinden erişilebilmektedir (IUPHAR-DB bağlantıları artık yeniden yönlendirilmelidir).

İçerik

Şu anda Guide to PHARMACOLOGY'de yer alan hedef gruplar şunlardır:

Katalitik reseptörler
Enzimler
G proteini kenetli reseptör
İyon kanalları
Kinazlar
Nükleer reseptörler
Taşıyıcılar
Yağ asidi bağlayıcı proteinler, sigma reseptörleri ve adiponektin reseptörleri dahil diğer protein hedefleri

Her bir hedef grubu için bilgiler, her bir aile için ayrı bir veri sayfası ile sınıflandırmaya dayalı ailelere ayrılmıştır. Her sayfada, hedefler tablo listeleri halinde düzenlenmiş olup, her tabloda hedef için protein ve gen isimlendirmesi ile gen isimlendirme veri tabanlarına bağlantılar yer almakta ve agonistler, antagonistler, inhibitörler ve radyoligandlar dahil olmak üzere hedefte etkinliği olan seçilmiş ligandlar listelenmektedir. Farmakolojik veriler ve referanslar verilmekte ve her bir ligand, isimlendirme ve kimyasal yapı veya peptid sekansının yanı sıra eşanlamlılar ve ilgili veritabanı bağlantılarını gösteren bir ligand sayfasına köprü şeklinde bağlanmaktadır. Guide to PHARMACOLOGY ayrıca sitede yer alan tüm ligand moleküllerinin, küçük organik moleküller (memeli metabolitleri, hormonlar ve nörotransmitterler dahil), sentetik organik moleküller, doğal ürünler, peptitler, inorganik moleküller ve antikorlar gibi kategorilere ayrılmış bir listesini de içermektedir. Web sitesinde yer alan tüm onaylı ilaçların tam bir listesine ligand listesi aracılığıyla da ulaşılabilir. Guide to PHARMACOLOGY, eğitim kaynaklarının yanı sıra hedefler ve ligandlar hakkında klinik bilgileri de içerecek şekilde genişletilmektedir. Web sitesindeki arama özellikleri arasında hızlı ve gelişmiş arama seçenekleri ile kimyasal yapıları kullanarak ligand yapıları için destek de dahil olmak üzere reseptör ve ligand aramaları bulunmaktadır. Diğer özellikler arasında 'sıcak konu' haberleri ve yeni reseptör-ligand eşleştirme listesi yer almaktadır.

IUPHAR Guide to IMMUNOPHARMACOLOGY

Wellcome Trust, Kasım 2015 ve Ekim 2018 tarihleri arasında, GtoPdb şemasına dayanan "IUPHAR Guide to IMMUNOPHARMACOLOGY"yi (GtoImmuPdb) geliştirmek için bir projeyi desteklemiştir. GtoImmuPdb, mevcut IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY'de bulunan yüksek kaliteli, uzmanlarca derlenmiş farmakolojik verilere immünolojik bir bakış açısı getiren açık erişimli bir kaynaktır. İmmünofarmakoloji ile ilgili protein hedefleri ve ligandlar etiketlenmiş ve GtoImmuPdb'ye yerleştirilmiştir. Bunlar ayrıca immünolojik süreçler, hücre tipleri ve hastalık gibi yeni immünolojik veri tipleriyle de ilişkilendirilmiştir. GtoImmuPdb, immünoloji ile farmakolojiyi birbirine bağlayan, katma değer sağlayan ve hastalığın immün, enflamatuar veya enfeksiyöz bileşenlerini modüle etmeyi hedefleyen ilaçların araştırma ve geliştirilmesini destekleyen bir bilgi tabanı sağlar.^[3]

The Concise Guide to PHARMACOLOGY

The Guide to PHARMACOLOGY, daha önce HTML, PDF ve basılı formatlarda mevcut olan "Reseptörler ve Kanallar Kılavuzu"^[4] olan Concise Guide to PHARMACOLOGY'nin çevrimiçi, açık erişimli bir veritabanı sürümünü içerir. Çevrimiçi veritabanının basılı bir özeti, The Concise Guide to Pharmacology 2017/2018 adıyla British Journal of Pharmacology'nin iki yıllık eki olarak bir dizi makale şeklinde yayınlanmaktadır.^[5]

Veritabanı bağlantıları

Guide to PHARMACOLOGY, hem kısa hem de ayrıntılı görünüm sayfalarındaki hedef ve ligand sayfaları aracılığıyla diğer ilgili kaynaklara bağlantılar içerir. Bu kaynakların birçoğu ilgili Guide to PHARMACOLOGY sayfalarıyla karşılıklı bağlantılara sahiptir.

HUGO Gen Adlandırma Komitesi
Fare Genom Enformatiği
Sıçan Genom Veritabanı
Ensembl
UniProt
Entrez
PubChem
ChemSpider
ChEMBL
ChEBI
KEGG
İnsanda Çevrimiçi Mendel Kalıtımı (OMIM)
DrugBank
Protein Data Bank

Gelecek yönelimleri

Wellcome Trust tarafından sağlanan fonun ardından, 2012-2015 yılları arasında Guide to PHARMACOLOGY, reçeteli tüm ilaçların biyolojik hedeflerini ve gelecekteki küçük moleküllü ilaçların diğer olası hedeflerini içerecek şekilde genişletilmiştir. Çok çeşitli hedeflerin temel özelliklerine ilişkin genel bakışlar özet görünüm sayfalarında sunulmakta, ayrıntılı görünüm sayfaları ise seçilen bir hedef alt kümesinin özellikleri hakkında daha derinlemesine bilgi sağlamaktadır. Ocak 2018 itibariyle Medicines for Malaria Venture, "Guide to Malaria Pharmacology"nin geliştirilmesi için yeni bir uzantıyı desteklemektedir. Çekirdek GtoPdb, Britanya Farmakoloji Topluluğu tarafından desteklenmeye devam etmektedir.

Kaynakça

^ Armstrong, JF; Faccenda, E; Harding, SD; Pawson, AJ; Southan, C; Sharman, JL; Campo, B; Cavanagh, DR; Alexander, SPH; Davenport, AP; Spedding, M; Davies, JA (8 Ocak 2020). "The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2020: extending immunopharmacology content and introducing the IUPHAR/MMV Guide to MALARIA PHARMACOLOGY". Nucleic Acids Research. 48 (D1). ss. D1006–D1021. doi:10.1093/nar/gkz951. PMC 7145572 $2. PMID 31691834.
^ Alexander, S. P.; Benson, H. E.; Davenport, A.; Mathie, A.; McGrath, I. J.; Pawson, A. J.; Peters, J. A.; Sharman, J. L.; Spedding, M.; Harmar, A. J. (2012). "GuideToPharmacology.org - an update". British Journal of Pharmacology. 167 (4). ss. 697-698. doi:10.1111/j.1476-5381.2012.02141.x. PMC 3575771 $2. PMID 23003568.
^ Harding, SD; Faccenda, E; Southan, C; Maffia, P; Davies, JA (December 2018). "A new guide to immunopharmacology". Nature Reviews. Immunology. 18 (12). s. 729. doi:10.1038/s41577-018-0079-2. PMID 30327546.
^ Alexander, SP; Mathie, A; Peters, JA (November 2011). "Guide to Receptors and Channels (GRAC), 5th edition". British Journal of Pharmacology. 164 (Suppl 1). ss. S1–324. doi:10.1111/j.1476-5381.2011.01649_1.x. PMC 3315626 $2. PMID 22040146.
^ Alexander, SP; Kelly, E; Marrion, NV; Peters, JA; Faccenda, E; Harding, SD; Pawson, AJ; Sharman, JL; Southan, C; Buneman, OP; Cidlowski, JA; Christopoulos, A; Davenport, AP; Fabbro, D; Spedding, M; Striessnig, J; Davies, JA; CGTP, Collaborators. (December 2017). "THE CONCISE GUIDE TO PHARMACOLOGY 2017/18: Overview". British Journal of Pharmacology. 174 Suppl 1 (Suppl Suppl 1). ss. S1–S16. doi:10.1111/bph.13882. PMC 5650665 $2. PMID 29055037.

Dış bağlantılar

IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY
- IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY'nin 2021 baskısı (BJP'de yayınlanmıştır)
- IUPHAR/BPS Concise Guide to PHARMACOLOGY'nin 2024 baskısı (BJP'de yayınlanmıştır)
International Union of Basic and Clinical Pharmacology (IUPHAR)
British Pharmacological Society (BPS)
British Journal of Pharmacology
Concise Guide to PHARMACOLOGY
Wellcome Trust
Medicines for Malaria Venture

[1] Armstrong, JF; Faccenda, E; Harding, SD; Pawson, AJ; Southan, C; Sharman, JL; Campo, B; Cavanagh, DR; Alexander, SPH; Davenport, AP; Spedding, M; Davies, JA (8 Ocak 2020). "The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2020: extending immunopharmacology content and introducing the IUPHAR/MMV Guide to MALARIA PHARMACOLOGY". Nucleic Acids Research. 48 (D1). ss. D1006–D1021. doi:10.1093/nar/gkz951. PMC 7145572 $2. PMID 31691834.

[pmid-2] Alexander, S. P.; Benson, H. E.; Davenport, A.; Mathie, A.; McGrath, I. J.; Pawson, A. J.; Peters, J. A.; Sharman, J. L.; Spedding, M.; Harmar, A. J. (2012). "GuideToPharmacology.org - an update". British Journal of Pharmacology. 167 (4). ss. 697-698. doi:10.1111/j.1476-5381.2012.02141.x. PMC 3575771 $2. PMID 23003568.

[3] Harding, SD; Faccenda, E; Southan, C; Maffia, P; Davies, JA (December 2018). "A new guide to immunopharmacology". Nature Reviews. Immunology. 18 (12). s. 729. doi:10.1038/s41577-018-0079-2. PMID 30327546.

[4] Alexander, SP; Mathie, A; Peters, JA (November 2011). "Guide to Receptors and Channels (GRAC), 5th edition". British Journal of Pharmacology. 164 (Suppl 1). ss. S1–324. doi:10.1111/j.1476-5381.2011.01649_1.x. PMC 3315626 $2. PMID 22040146.

[5] Alexander, SP; Kelly, E; Marrion, NV; Peters, JA; Faccenda, E; Harding, SD; Pawson, AJ; Sharman, JL; Southan, C; Buneman, OP; Cidlowski, JA; Christopoulos, A; Davenport, AP; Fabbro, D; Spedding, M; Striessnig, J; Davies, JA; CGTP, Collaborators. (December 2017). "THE CONCISE GUIDE TO PHARMACOLOGY 2017/18: Overview". British Journal of Pharmacology. 174 Suppl 1 (Suppl Suppl 1). ss. S1–S16. doi:10.1111/bph.13882. PMC 5650665 $2. PMID 29055037.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]